Le 1er mars j'ai embauché un moniteur en CDD à temps partiel qui prendra automatiquement fin le jour de la réalisation de l'objet pour lequel va être bientôt conclu, l'objet est le remplacement d'une personne en longue maladie. -Est ce que je dois donner un préavis (combien de temps) ? -Comment tenir compte des congés déjà pris et des sommes déjà versées ? Peut-on les récupérer sur son indemnité de précarité ? Y a t-il une solution ? Je vous remercie.

Non, vous n'avez de « préavis » à donner, mais, bien sûr, vous devez, par courrier soit R AR soit en main propre, donner au salarié en CDD l'information sur le retour à telle date du salarié en longue maladie et donc la fin du contrat CDD selon le contrat de départ.
Si ce salarié a eu + de CP que « gagné », ce n'est pas de son fait que l'entreprise a été fermée et que vs n'avez pas fait appel à lui, donc pas de solution si ses CP sont inférieurs à son absence, navré mais vous n'y pouvez rien et surement pas la possibilité de  déduire les CP de trop de l'indemnité de précarité.